Районным центром Шекснинского района является рабочий поселок Шексна. Он находится на расстоянии 83 км от Вологды и связан с ней шоссейной и железной дорогами. Через поселок проходят автомобильная дорога республиканского значения Вологда-Новая Ладога, Волго-Балтийский водный путь по реке Шексне, а также Северная железная дорога.